厦门男科医院比较好的有厦门大学附属第一医院、厦门大学附属中山医院、厦门市妇幼保健院等，其中，厦门大学附属第一医院泌尿外科连续3年入选复旦大学中国专科声誉排行榜（最高排名全国第21名），同时还连续6年获得复旦大学华东地区医院专科声誉排行榜提名。此外，男科比较好的医院还有厦门大学附属中山医院和厦门医学院附属第二医院，前者医院泌尿外科是厦门大学、福建医科大学研究生培养单位；后者医院泌尿外科当前泌尿肾脏疾病诊治学科群的重要组成机构。
第一名：厦门大学附属第一医院-泌尿外科厦门大学附属第一医院泌尿外科是闽西南地区建科最早的专科，现已发展成为人才荟萃、技术一流、设备先进的临床科室。2019-2021年，泌尿外科同时连续3年入选复旦大学中国专科声誉排行榜（最高排名全国第21名），连续6年获得复旦大学华东地区医院专科声誉排行榜提名。科室泌尿外科肿瘤学组连续2年入选“中国泌尿肿瘤百强榜——华南区TOP5”（2021年位列第三）。2020年入选2019年中国医院科技量值全国百强。同时泌尿外科是福建省唯一拥有专科手术室、泌尿系肿瘤和结石重点实验室、男科检查室、尿动力室、重症监护室和博士后科研工作站的专科。
第二名：厦门大学附属中山医院-泌尿外科厦门大学附属中山医院泌尿外科是厦门大学、福建医科大学研究生培养单位，国家住院医师规范化培训基地，中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地等。科室拥有品类齐全、先进的专科设备，如高清腹腔镜、经尿道等离子电切镜、输尿管镜、大功率激光治疗机、手术碎石航母、体外冲击波碎石机、尿动力仪、男科工作站等。腹腔镜及内腔镜微创手术是泌尿外科专业特色与持续发展方向，各类手术以经尿道自然腔道、经腹腔镜、经皮肾镜等微创术式为主流。
第三名：厦门医学院附属第二医院-泌尿外科厦门医学院附属第二医院泌尿外科是福建省最早建立的泌尿外科专科之一，也是当前厦门医学院附属第二医院“311战略”中“泌尿肾脏疾病诊治学科群”的重要组成机构。目前国内外泌尿腹腔镜手术已基本代替原先的开放手术，科室是厦门最早开展泌尿腹腔镜手术的科室，迄今已有30余年的历史，目前腹腔境微创手术治疗精索静脉曲张、肾囊肿、肾上腺肿瘤、巨大输尿管结石、肾癌、肾孟癌及输尿管癌等高难度根治术已成常规。
第四名：厦门市妇幼保健院-男科厦门市妇幼保健院男科是该院的特色专科，治疗上采用中西医结合治疗，通过口服中药、西药及精神心理疏导治疗男性不育、前列腺疾病、性功能障碍、泌尿生殖系感染等男科疾病，疗效显著。目前该科可开展的检查项目有：精液常规分析；前列腺液常规分析；精液、前列腺液细菌培养加药敏；前列腺特异性抗原检测等。
第五名：厦门市第三医院-泌尿外科厦门市第三医院泌尿外科，为医院发展最快的科室，拥有国外进口的膀胱镜、前列腺电切镜、经皮肾镜、输尿管镜、气压弹道碎石机、膀胱大力碎石钳、膀胱治疗仪、体外震波碎石机，超声气压弹道混合动力碎石机及美国GEB超机。经皮肾镜下超声气压弹道混合动力碎石术近年来发展较快，是肾脏及输尿管上段复杂结石治疗的一次革命。
第六名：厦门大学附属翔安医院-泌尿外科厦门大学附属翔安医院泌尿外科拥有一系列国际先进水平知名品牌的专科检查及治疗设备，重点开展以复杂泌尿生殖系肿瘤微创手术、肾移植、前列腺增生激光剜除、泌尿系结石综合防治、男科、泌尿盆底疾病等为临床特色的医疗工作，作为医院重点发展方向，科室正努力实现泌尿外科手术全面腔镜化、微创化。
第七名：厦门市第五医院-泌尿外科厦门市第五医院泌尿外科，是医院的重点学科，也是厦门东部地区百姓肯定和信赖的学科。科室设备一流，拥有先进的输尿管软镜、第5代EMS超声碎石清石系统、奥林巴斯等离子电切镜、司迈等离子电切镜等，对泌尿系肿瘤和结石、前列腺增生、尿道下裂、复杂性尿道狭窄、女性压力性尿失禁、包茎及包皮过长、男性不育、阳痿、早泄等疾病均有规范的诊疗方案和丰富的诊疗经验。
第八名：复旦大学附属中山医院厦门医院-泌尿外科复旦大学附属中山医院泌尿外科是国家教育部重点学科，“211”和“985”工程三期建设重点学科，是国家卫生健康委泌尿专科医师和泌尿内镜诊疗技术培训基地，首批国家博士学位授予点之一。科室创建于1952年，是国内最早建制并拥有独立病房的泌尿外科之一。